# tree 
.
├── main.py
└── subdir1
    ├── __init__.py
    ├── mod1.py
    └── subdir2
        └── mod2.py

まずサブディレクトリ内の init.py にサブディレクトリ内のスクリプトを読み込む設定を書く

$ cat ./subdir1/__init__.py 
from . import mod1
from .subdir2 import mod2

$ cat ./main.py
from subdir1 import *

print(mod1.var1)
print(mod2.var2)

■実行結果
ちゃんとmod1.pyのvar1 と mod2.pyのvar2 が読み込まれる。

$ python3 main.py 
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