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MySQL 5.1 から 5.6へ一気にアップグレードは、推奨されてないようで
下記のようにやるのが正しかったようです。
5.1 -> 5.5 -> 5.6
今回は、アップグレード後mysqldumpから戻しました。
一応手順メモ
# mysqldump db > db.sql # /etc/init.d/mysql stop # rpm --nodeps -e mysql-server mysql # yum install http://dev.mysql.com/get/mysql-community-release-el6-5.noarch.rpm # yum install mysql-server # mysql_install_db --random-passwords # cat /root/.mysql_secret # mysqld --initialize # mysql < db.sql