※certbot-autoが2021年1月以降全てのディストリビューションで非推奨になりました。
今のところ証明書の更新について問題ないですが、今後のアップデートが行われない。
下記の利用をオススメします。

Docker版: 10 Docker Let's Encrypt
通常版: 18 Let's Encrypt Certbot

すごく簡単に、無料のSSL証明書が利用できる。

# curl https://dl.eff.org/certbot-auto -o /usr/bin/certbot-auto
# chmod 700 /usr/bin/certbot-auto

# certbot-auto certonly \         # 証明書の作成
    --webroot \                   # 既存のウェブサーバを使うモードを選択
    -w /home/hogehoge/public_html \    # ドキュメント・ルートのパス
    -d hogehoge.fl8.jp \            # 認証するドメイン名
    --email <メール>@<アドレス>     # メールアドレス登録（証明書期限切れの通知用）

# ll /etc/letsencrypt/live/jp010.public.develop.kumolabo.com/*
lrwxrwxrwx 1 root root 57 11月 11 17:02 2016 /etc/letsencrypt/live/hogehoge.fl8.jp/cert.pem -> ../../archive/hogehoge.fl8.jp/cert2.pem
lrwxrwxrwx 1 root root 58 11月 11 17:02 2016 /etc/letsencrypt/live/hogehoge.fl8.jp/chain.pem -> ../../archive/hogehoge.fl8.jp/chain2.pem
lrwxrwxrwx 1 root root 62 11月 11 17:02 2016 /etc/letsencrypt/live/hogehoge.fl8.jp/fullchain.pem -> ../../archive/hogehoge.fl8.jp/fullchain2.pem
lrwxrwxrwx 1 root root 60 11月 11 17:02 2016 /etc/letsencrypt/live/hogehoge.fl8.jp/privkey.pem -> ../../archive/hogehoge.fl8.jp/privkey2.pem

後は、confに設定するだけ

 SSLCertificateFile /etc/letsencrypt/live/hogehoge.fl8.jp/cert.pem
 SSLCertificateKeyFile /etc/letsencrypt/live/hogehoge.fl8.jp/privkey.pem
 SSLCACertificateFile /etc/letsencrypt/live/hogehoge.fl8.jp/chain.pem

更新

certbot-auto renew --post-hook "systemctl reload httpd"

強制更新

certbot-auto renew --force-renew --post-hook "systemctl reload httpd"

実際にアクセスされるのは、 .well-known/acme-challeng以下のファイルです。
.well-knownを作ってやって、そこに.htaccessを置き許可していてやればOK

$ cat .well-known/.htaccess 
Order Deny,Allow
Allow from all

※post-hook先の実行もcronでpathが通ってないとエラーになって更新できません。

0 0 * * *  scl enable python27 'bash /usr/bin/certbot-auto renew --post-hook "/sbin/service httpd reload" '

※mailでも利用する場合、postfix dovecotもリロードする。
下記は週1回リロードの場合

0 0 * * 6 /etc/init.d/postfix reload
0 0 * * 6 /etc/init.d/dovecot reload

/usr/bin/certbot-auto: line 583: virtualenv: command not found

epel.repoをenableしてやればOK

/root/.local/share/letsencrypt/lib/python2.6/site-packages/cryptography/__init__.py:26: DeprecationWarning: Python 2.6 is no longer supported by the Python core team, please upgrade your Python. A future version of cryptography will drop support for Python 2.6

これは、Pythonが2.6で有るためのエラー

Python2.7をインストールしてやれば解決
39 CentOS6 Python2.7

そのまま実行すると、古いライブラリを読んでエラーが出るので
一度下記のフォルダは削除してあげる

# rm -rvf /root/.local/share/letsencrypt