mysqlコマンドではmysqlへログインできるのに、PHPからだと下記のエラーになってしまう。

SQLSTATE[HY000] [2054] The server requested authentication method unknown to the client

原因は、old_passwords=1で作成されたパスワードを利用していたため

old_passwords=1をコメントアウトして、mysql再起動し再度パスワードを設定しなおす

set password for username@localhost = password('password');