alter table hoge_table_name engine = InnoDB;

これで一括変換できる。

dbname="test_db"
for i in `mysql $dbname -e 'show tables'| grep -v Tables_in_`
do
    echo $i
    mysql $dbname -e "alter table $i engine = InnoDB"
done

FULLTEXT はMyISAMでしかサポートされてない。

The used table type doesn't support FULLTEXT indexes