テーブル分割して、innodb_buffer_pool_sizeとinnodb_log_file_sizeを増やしてみる

# vi /etc/my.cnf
innodb_file_per_table
innodb_buffer_pool_size=512M
innodb_log_file_size=128M

innodb_buffer_pool_sizeは、DBのみ動作の場合物理メモリの70%～80%程度

innodb_log_files_in_group×innodb_log_file_size < innodb_buffer_pool_size 

innodb_log_file_sizeを変更すると、InnoDBログファイルの作成しなおしが必要です。
古いInnoDBログファイルを削除、または移動してあげてからMySQLを起動すると、新しいサイズでInnoDBログファイルが作成されます。

# mv /var/lib/mysql/ib_logfile* /tmp/

InnoDB: Error: log file ./ib_logfile0 is of different size 0 16777216 bytes
InnoDB: than specified in the .cnf file 0 33554432 bytes!
140609 16:02:58 [Note] /usr/libexec/mysqld: ready for connections.
Version: '5.0.77'  socket: '/var/lib/mysql/mysql.sock'  port: 3306  Source distribution
140609 16:03:08 [ERROR] /usr/libexec/mysqld: Incorrect information in file: './zabbix/nodes.frm'
140609 16:03:08 [ERROR] /usr/libexec/mysqld: Incorrect information in file: './zabbix/nodes.frm'
140609 16:03:08 [ERROR] /usr/libexec/mysqld: Incorrect information in file: './zabbix/sessions.frm'
140609 16:03:08 [ERROR] /usr/libexec/mysqld: Incorrect information in file: './zabbix/sessions.frm'
140609 16:03:08 [ERROR] /usr/libexec/mysqld: Incorrect information in file: './zabbix/users.frm'
140609 16:03:08 [ERROR] /usr/libexec/mysqld: Incorrect information in file: './zabbix/users.frm'
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